물권행위와 부합하는 등기가 있으면 부동산물권변동의 효력이 생긴다. 창설적 효력이라고도 한다. 물권변동의 효력 발생 시기는 등기신청시가 아니라 등기부에 기재된 때이다. 부동산 제한물권과 환매권, 임차권에 관하여는 권리변동 외에 일정한 사항을 등기할 수 있는데 이를 등기하면 제3자에게도 그 내용을 주장할 수 있다. 이를 대항적 효력이라 한다.
동일한 부동산에 관해 설정된 수개의 권리의 순위는 법률에 다른 규정이 없으면 등기의 전후 내지 선후에 의해 결정된다. 이를 순위확정적 효력이라 한다. 동구에서 한 등기는 순위 번호에 의하고 별구에서 한 등기는 접수번호에 의하여 정해진다. 부기등기의 순위는 주등기의 순위에 의한다.
민법 제245조 2항의 등기부취득시효에서는 소유자로 등기되어 있는 자가 마치 동산의 점유취득시효에서의 점유와 같은 효력을 갖는다고 보아 등기에 점유적 효력을 인정하는 견해도 있다. 일정한 등기가 있으면 그 등기가 표상하는 실체적 권리관계가 존재하는 것으로 추정케 하는 효력이 인정되는데 이를 등기의 추정력이라 한다. 추정에는 사실상의 추정과 법률상의 추정이 있는데 여기서의 추정은 법률상의 추정에 해당한다.
추정력을 인정하는 근거는 등기의 절차상 진정한 권리관계에 합치될 개연성이 크고 민법상 점유에 권리추정적 효력을 인정하는데 대해 공시방법에 대하여도 추정력을 인정해야 한다는 점을 근거로 둔다. 등기의 추정력은 등기된 권리가 등기명의인에게 적법하게 귀속하는 것으로 추정되며 등기원인에 대해서도 추정력이 인정된다. 그러나 권리등기에 관한 것이 아닌 부동산의 표시에 관한 사항에는 추정력이 인정되지 않는다. 또 추정력은 등기가 절차상 유효 요건을 갖추어서 적법하게 이루어진 것으로 추정된다.
소유권이전등기의 경우에는 전 소유자가 사망한 후 그의 신청에 의해서 등기가 이루어진 경우, 전 소유자가 허무인인 경우 등기부상의 소유권의 추정은 깨어진다. 소유권보존등기에 있어서는 등기명의인이 원시취득자가 아니라는 사실이 증명되면 추정력은 깨진다. 소유권보존등기에 있어서는 등기명의인이 원시취득자가 아니라는 사실이 증명되면 추정력은 깨진다.
특별조치법에 의한 등기의 경우 그 등기가 진정한 권리변동과 부합되도록 보장하기 위해 관계법률에 의해 절차와 요건이 엄격히 규정되어 있는 점을 감안하여 판례는 일반등기의 경우보다 더욱 강한 추정력을 인정한다. 판례는 일반 등기의 경우보다 더욱 강한 추정력을 인정한다. 판례는 등기시 첨부되는 보증서 등이 허위, 위조된 것까지 입증하여야 하고 전 소유자가 사망한 이후에 이전등기가 경료되었어도 등기의 추정력은 깨지지 않는다고 하였다. 나아가 소유권보존등기 이전에 다른 소유자가 있었던 경우에도 등기의 추정력은 깨어지지 않는다고 한다.
등기된 부동산에 대해 등기명의인과 점유자가 일치하지 않는 경우에는 등기에 추정력이 인정된다. 점유에 추정력이 인정되지 않는다. 즉 이 경우에는 민법 제200조는 적용되지 않는다. 미등기부동산의 경우에도 점유에 추정력이 인정되는 것이 아니며 이 경우에는 통상의 입증에 따라 권리자를 결정하여야 한다. 그리고 등기를 신뢰하고 거래한 자는 무과실로 추정된다. 현행 등기제도 하에서는 등기에 공신력이 인정되지 않는다. 한편 민법상 선의의 제3자 보호규정에 의해 보호받는 경우가 있는데 이것은 등기의 공신력과는 별개의 것이다.
가등기에 기해 본등기를 하면 본등기의 순위는 가등기의 순위에 의한다. 이를 순위보전의 효력이라 한다. 그러나 이는 물권변동의 시기가 소급한다는 의미는 아니다. 물권변동은 본등기를 한 때에 발생하는 것이다. 가등기 후에 본등기가 없는 한 가등기 그 자체로서는 아무런 실체법상의 효력이 없다.
소유권 이전청구권 보전의 가등기를 한 후에 소유자가 제3자에게 소유권이전등기를 경료한 경우에 가등기에 기해 본등기를 하려면 어떤 절차로 하여야 할 것인가 문제 된다. 부동산등기법에는 그러한 절차에 관해 규정을 두고 있지 않기 때문이다. 판례에 따르면 가등기권리자는 자기의 채무자인 전 소유자를 상대로 본등기를 청구하면 되고 현재 등기명의인인 제3자를 상대로 할 필요는 없다고 한다. 그에 따라 본등기가 이루어지면 등기공무원은 이에 저촉되는 제3자의 등기를 직권말소하여야 할 것이라고 한다. 또한 가등기에 기한 소유권 이전의 본등기가 경로 됨으로써 등기공무원이 직권으로 가등기 후에 경료된 제3자의 등기를 말소한 경우 그 후에 그 가등기에 기한 본등기가 원인무효 등의 사유로 말소된 때에는 결국 그 제3자의 등기는 말소하지 아니할 것을 말소한 결과가 되므로 등기공무원은 직권으로 그 말소등기의 회복등기를 하여야 한다.
가등기의 가등기도 허용될 것인지가 문제된다. 판례는 물권변동의 청구권은 재산권이고 공시방법도 부기등기의 형식으로 할 수 있으므로 가등기의 가등기도 인정하고 있다. 그러므로 가등기명의인도 등기의무자가 되는 것이다.
갑 소유의 토지가 원인 없이 A에서 B, B에서 C, C에서 D로 순차적으로 소유권이전등기가 경료된 경우 갑이 A, B, C, D를 상대로 각기 말소등기를 청구하지 않고 D를 상대로 소유권이전등기청구를 할 수 있는가가 문제 된다. 이러한 경우에 종전의 판례의 입당에 의하면 감과 D 사이에는 소유권 이전에 관한 실체적 관계가 없으므로 등기 청구의 문제는 있을 수 없다. 갑이 토지에 대한 소유권을 회복하려면 현재의 등기명의인인 D를 상대로 말소등기청구를 시작으로 순차적으로 C에서 B, B에서 A를 상대로 순차적으로 말소등기청구를 하여야 한다고 하였다. 그러나 최근 판례는 그 견해를 변경하여 소유권자가 진정한 등기명의의 회복을 위해 부진정한 현재의 등기명의인을 상대로 그 등기의 말소를 구하는 외에 소유권이전등기절차의 이행을 구할 수 있다고 판시하였다.
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